申请软件著作权保护流程如下：

1、办理流程

填写申请表--→提交申请文件---→登记机构受理申请--→审查--→取得登记证书

2、填写申请表

在中心网站上，首先进行用户注册，然后用户登陆，在线按要求填写申请表后，确认、提交并在线打印。

3、提交申请文件

申请人或代理人按照要求提交纸质登记申请文件。

4、登记机构受理申请

申请文件符合受理要求的，登记机构在规定的期限内予以受理，并向申请人或代理人发出受理通知书;不符合受理要求的，发放补正通知书。

5、审查

经审查符合《计算机软件保护条例》和《计算机软件著作权登记办法》规定的，予以登记;不符合规定的，发放补正通知书。

6、获得登记证书