两者各有千秋;

ntfs：数据保护和恢复，支持大硬盘和在多个硬盘上存储文件，支持元数据，使用高级数据的结构，支持分区、文件夹和文件的压缩，可进行磁盘配额管理；

exfat：增强台式电脑与移动设备的互操作能力，采用剩余空间分配表，是一个折中的方案，只为U盘打造，支持非常大的文件和存储设备，支持性能改进，支持可扩展性功能。